1、在先商标信息的不完整性和滞后性:　商标局在商标审查中的主要依据就是检索商标局内计算机数据库中的各类信息。由于商标局每天都要收到大量的各类商标申请，而且这些申请资料都要人工一一进行分类并通过扫描输入商标局数据库，因此，各类商标申请文件从商标局接收之日到可以从计算机数据库中检索到需要一定的周期，这个信息输入周期即使在商标局内部也需长达1～3个月，对外则一般在3～6个月，这还只是商标申请自己的基本信息，也就是通常所讲的查询盲区。
2、主动审查中信息来源的局限性:　商标局主动审查中所依据的最完整、最可靠的信息就是商标局自己多年积累的商标注册和申请信息。而其他的诸如，县级以上地名、某些行业、产品信息等等都要商标局自己去逐步收集整理的，由于信息来源的被动和滞后，有所遗漏是正常现象。而对于诸如专利注册、版权登记上的信息商标局根本就不会关注，只有权利人自己在商标初审公告期三个月的被动审查中发现后，通过异议程序来维护自己的权益。 此外，对驰名商标的跨类保护问题，商标局对于自己在商标异议中认定驰名、对商标评审委员会在商标争议中认定的驰名，以及北京一、二中院和高院等几个法院认定的驰名实施跨类保护，而对其他一些地方法院认定的驰名商标，商标局不知道也不承认也不实施跨类保护。 因此，商标局在实施行政主动审查中的信息来源自己就是有局限性的。其他很多的在先权益都只有通过公告异议期的被动审查来解决。
3、审查员的主客观差别所产生的误差: 每个商标注册申请的审查都是通过各个审查员独立结束的，由于不同的审查员在专业范围、知识面及工作经验、责任心等方面存在着一定差别，审查结果一定会受到主客观方面多种因素的影响。针对相同类型的个案，不同的审查员、不同类别的审查员可能得出截然相反的判断结果。
4、国家法规政策的时段性造成审查尺度的变动：我国自从1983年颁布商标法以来，相关的商标法律法规政策就随着市场经济的发展和新问题的出现一直处在动态发展阶段性调整之中，而且在相当一个时期内这种动态调整仍将继续，这种调整不可避免地要影响审查尺度。
5、不同类别的商品或服务项目在审查尺度中把握的差别：俗话说“东西是死的，人是活的”，这种讲法应用在商标审查上是非常贴切的。因为，商标法以及商标审查标准虽然看起来是一个统一的标准，但在实践中确可以衍生出千变万化的理解和应用。对于同一个商标而言在不同的商业行业、不同的产品和服务、不同的客户群体、不同的消费层次、不同的市场渠道、不同的销售对象、不同的使用方式、不同的地域限制……等等，对商标的识别方式、关注程度、混淆可能等也会有很大的不同。
6、商标代理人在对商标注册申请的可行性判断上的主客观性：商标代理机构和其代理人的水平和素质高低对商标注册申请可行性的判断差别是显而易见的。有相当一部分代理机构是延续原来的工商部门的体系发展而来的，其代理观念和模式就是沿用原有传统的简单填表简单判断、传递文件的纯中介邮差代理。这类模式基本上就没有对商标进行详细可行性分析判断的内容和习惯。。
7、可能存在异议风险：商标异议是我国法律规定的，对已经商标局主动审查并初步审定核准的商标，以《商标公告》方式对外公开征求社会公众监督的被动审查的法定程序，任何人对初步审定核准的商标持有不同意见并有明确理由的，都可以在初步审定公告之日起3个月异议期内向商标局提出异议申请，要求撤销初步审定，驳回该商标的注册申请。